真核转录组测序是对真核生物特定组织或细胞在某个特定状态下转录的所有mRNA进行测序。根据测序物种是否有参考基因组分为有参真核转录组和无参真核转录组，两者的分析方法和分析内容有所不同。有参真核转录组测序数据与参考基因组比对，既可全面快速分析mRNA序列和丰度信息，也可对基因结构和产生的新转录本进行分析预测。无参真核转录组拼接出最长的转录本为unigene，以unigene为参考序列研究转录水平变化。目前已经广泛应用于基础研究、分子育种、临床诊断和药物研发等领域。

技术路线

技术路线

分析内容

    有参考
    1.     数据质控及统计
    2.     参考基因组比对
    3.     定量分析
          3.1     定量结果
          3.2     表达水平分布
          3.3     相关性分析
    4.     差异分析
          4.1     差异基因
          4.2     差异基因火山图
          4.3     差异基因聚类
    5.     GO/KEGG/Reactome富集分析
          5.1     GO功能富集
          5.2     通路富集结果
          5.3     通路富集柱状图与散点图
          5.4     KEGG富集通路图
          5.5     Reactome富集分析
    6.     差异可变剪切分析 		    无参考
    1.     数据质控及统计
    2.     组装
    3.     定量分析
          3.1     定量结果
          3.2     表达水平分布
          3.3     相关性分析
    4.     差异分析
          4.1     差异基因
          4.2     差异基因火山图
          4.3     差异基因聚类
    5.     GO/KEGG/Reactome富集分析
          5.1     GO功能富集
          5.2     通路富集结果
          5.3     通路富集柱状图与散点图
          5.4     KEGG富集通路图
          5.5     Reactome富集分析

备注：人的样品还可以分析融合基因，新转录本预测，转录因子分析和蛋白互作分析等。

案例解析

人类胚胎的遗传组成结构
本研究通过单细胞转录组测序，对来自2-3日龄胚胎的卵母细胞、受精卵和单卵裂球进行检测，分别发现有32个和129个基因在卵母细胞到四细胞过渡和四细胞到八细胞过渡过程中特异性表达，检测出大量新基因，本研究为人类胚胎发育早期的细胞编程的研究提供参考。


参考文献：
Töhönen V, Katayama S, et al. Novel PRD-like homeodomain transcription factors and retrotransposon elements in early human development. Nature Communications, 2015.

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