染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA 相互作用的有力工具,基于Illumina Hiseq测序平台,在全基因组范围内研究组蛋白修饰或被转录因子结合的DNA区域,以高效率的测序手段得到高通量的数据结果。
技术路线
分析内容
1. 原始数据整理、过滤及质量评估 2. 参考基因组注释整理与统计 3. 与参考基因组比对 4. Peak Calling 5. Peak相关基因GO注释 |
6. Peak相关基因KEGG注释 7. 样品间差异Peak分析 8. 差异Peak相关基因GO富集分析 9. 差异Peak相关基因KEGG通路富集分析 10. Motif分析 |
案例解析
小鼠外胚层干细胞中转录因子的相关研究
通过高效的ChIP分析程序,研究了小鼠外胚层干细胞中五种主要的转座因子(ZIC2、OTX2、SOX2、POU5F1和POU3F1)的染色体区域,它们有参与EpiSC维护和体细胞发展过程。
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